亲子鉴定上户口的具体麻烦程度可能会因地区和相关政策的不同而有所差异。以下是一些可能会导致麻烦的情况：

手续繁琐：上户口亲子鉴定可能需要提供大量的材料和证明文件，如身份证明、出生证明、亲子关系证明等。如果这些文件不齐全或存在问题，可能会导致办理过程变得繁琐。

时间耗费：亲子鉴定通常需要一定的时间来进行样本采集、分析和检测。等待鉴定结果出具可能需要几周甚至几个月的时间。这可能会延长办理上户口手续的时间。

费用支出：亲子鉴定通常需要支付一定的费用，包括鉴定机构的费用和相关材料的费用等。这可能会增加办理上户口的经济负担。

法律程序：上户口亲子鉴定可能需要遵循一定的法律程序和规定。如果不熟悉相关法律法规，可能需要额外的努力和时间来了解和遵守这些规定。

需要注意的是，具体的麻烦程度可能会因地区和个人情况的不同而有所差异。在进行亲子鉴定上户口前，建议您咨询当地的户籍管理部门或相关机构，了解具体的要求、流程和注意事项。同时，选择合法可靠的鉴定机构进行操作，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。